一九五三年美國瑪利諾神父會,在九龍牛頭角福華村創辦庇護十二小學,以紀念當年之天主教教宗。當時除開辦學校外,並附設有織造廠及製麵工場,向學生家長提供就業機會。

一九七九年,因香港政府發展牛頭角區,本校原址需交回政府,另由政府將荃灣柴灣角現址校舍撥給本校續辦,並改名為「柴灣角天主教小學」。

二零零九年,政府為發展全日制小學,於青山公路深井段37號,建一所全新二十四課室的小學,上午校全體師生遷至新校地址,改名「深井天主教小學」並轉為全日制上課。

現時,本校是天主教教區主辦的全日制政府津貼小學。