一九五三年美國瑪利諾神父會，在九龍牛頭角福華村創辦庇護十二小學，以紀念當年之天主教教宗。當時除開辦學校外，並附設有織造廠及製麵工場，向學生家長提供就業機會。

一九七九年，因香港政府發展牛頭角區，本校原址需交回政府，另由政府將荃灣柴灣角現址校舍撥給本校續辦，並改名為「柴灣角天主教小學」。

二零零九年，政府為發展全日制小學，於青山公路深井段37號，建一所全新二十四課室的小學，上午校全體師生遷至新校地址，改名「深井天主教小學」並轉為全日制上課。

現時，本校是天主教教區主辦的全日制政府津貼小學。